生物组学大数据算力云服务平台


介绍                                                                                                                                                                                              >>组学大数据平台登陆口<<

◆ 生物组学大数据算力云服务平台由中国科学院昆明植物研究所、动物研究所玉溪融建信息技术有公司合作建设,中国科学院昆明植物研究所、动物所为该平台提供生物信息科学理论指导以及科学计算数据,玉溪融建信息技术有公司提供算力服务支撑平台。

◆ 融建信息研发团队目前自研与集成了80余种生物组学工具,可以快速实现基因组学、转录组学、蛋白质组学、代谢组学计算服务。生物组学大数据云计算服务平台在基因组装上可以通过Nanopore、PacBio的raw样本数据来进行纠错、裁剪、组装等计算服务。借助云计算天然的并行计算优势,比传统的计算服务提供节省59%以上的时间。通过充分整合云计算资源,通过云计算共性,为各领域的科学家,提供速度快、价格合适、简单易用的计算服务平台。

◆ 组学大数据分析工具目前支持情况具体如下:
Canu、Wtdbg、Wtdbg2、Falcon、GATK-4.1.3.0、Samtools-1.9、bamtools-v2.5.1、bedtools-2.29.0、bcftools-1.9-172-g00011a5+、bowtie2-2.3.5.1、bismark- 0.22.1、bwa-0.7.17、cufflinks-2.2.1(conda py27)、cutadapt-2.5、FastQC-0.11.8、Homer- v4.10、macs2-2.2.5、Picard- 2.20.8、R -3.6.1、RSEM-1.3.2 、sra-tools-2.10.0、hisat2-2.1.0(conda py27)、miniconda3-4.7.10、biopython 1.74、python2.7、STAR- 2.7.2b、Mutect2-4.1.0、gistic 2.0、manta1.5(conda py27)、multiqc-1.7、cellranger-3.1.0、tophat-2.1.1(conda py27)、fastuniq-1.1、trimmomatic- 0.39、stringtie-2.0、bcl2fastq2-2.20、sratoolkit-2.9.6-1、RSeQC-2.6.4、ncbi-blast-2.9.0+、Trim Galore-0.6.4、Repdenovo-0.01、Velvet-1.2.10、kmer-jellyfish-2.3.0、Trf-4.09、cross_match、RepeatMasker-open-4-0-9、orthomcl-209、GPhoCS-123、FermiKit-013、axtChain、axtSort、axtToMaf、chainMergeSort、chainNet、chainPreNet、chainStitchId、faSize、faSplit、faToTwoBit、netChainSubset、netSyntenic、netToAxt、trfBig、lastz、blat、gfServer、pslPretty、pslSort、twoBitToFa、faToNib、gfClient、nibFrag、pslReps、twoBitInfo、bfc、fermikit、G-PhoCS、Multiz、libpng-1.6.34、freetype-2.9、80.gsl-2.4、81.blitz-0.10、cmake、83.PNGwriter、hisat2


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